Siefert étudie en 1607-08 auprès de
Sweelinck à Amsterdam grâce à une bourse qui lui est octroyée par la municipalité de Dantzig. Après son retour il travaille comme organiste suppléant dans sa ville natale. De 1611 à 1616 il exerce à la plus ancienne église de Königsberg (aujourd'hui Kaliningrad en Russie) puis à Varsovie à la Chapelle Royale du roi de Pologne Sigismond III. Enfin le 23 septembre 1623 il est nommé organiste titulaire de la Marienkirche, principale église de Dantzig qu'il ne quittera plus. Il se mesure avec son concurrent Marco Scacchi, le maître de Chapelle de Varsovie ; pendant cette confrontation prolongée, les deux compositeurs rivaliseront par le nombre de recueils publiés.
